Das Präsidium besteht aus der_dem Präsident_in, bis zu drei Vizepräsident_innen und bis zu zehn weiteren Mitgliedern. Mindestens die Hälfte der Mitglieder des Präsidiums müssen Frauen sowie zwei Vertreter_innen der Jungen Humanist_innen, je ein Mitglied aus Berlin und Brandenburg, sein. Mitglieder des Vorstandes sowie Personen, die beim Landesverband oder einer seiner Untergliederungen in einem Beschäftigungsverhältnis stehen, können nicht ins Präsidium gewählt werden. Die Aufgaben des Präsidiums sind in der Satzung des HVD Berlin-Brandenburg KdöR definiert.

Die Amtszeit der Präsidiumsmitglieder beträgt drei Jahre. Das Präsidium bleibt bis zur Bestellung eines neuen Präsidiums im Amt.